مکه روزهای سختی را سپری می‌کرد. رشد اسلام و افزایش یاران پیامبرr، برای کفار عنود و لجوج قریش قابل تحمل نبود. به همین خاطر روز به روز آزار و اذیت آنان بیشتر شده، میدان را بر تازه مسلمانان تنگ‌تر می‌کرد. در چنین شرایط سختی، پیامبر ص تدبیری تازه اندیشید و با اذن هجرت تعدادی از مسلمانان را به سرپرستی جعفر به سوی حبشه روانه کرد.

قریش که همچون ماری زخم‌خورده به خود می‌پیچيد و از گسترش اسلام و طرفدارانش رنج می‌کشید و دستش از همه‌جا کوتاه شده بود، از این شگرد تازه، سخت عصبانی شده درصدد انتقام برآمد. آنها تصمیم گرفتند حتی در خارج از مکه هم، عرصه را بر مسلمانان تنگ کنند. به همین خاطر سران کفر با اعزام نمایندگانی به دربار (نجاشی) پادشاه حبشه در صدد کارشکنی برآمدند و تلاش بسیاری را به کار گرفتند تا برای مسلمانان تازه هجرت کرده مزاحمت ایجاد کنند.

آن روز تالار قصر نجاشی، رنگ و بوی دیگری داشت. پادشاه و قسّیسین مسیحی با لباس‌های مخصوص در یک طرف و نمایندگان کفار قریش در طرف دیگر، همه در انتظار ورود میهمانان مسلمانی بودند که تازه به حبشه هجرت کرده بودند.

نمایندگان قریش از قبل با تبلیغات سوء، اذهان حاضران را نسبت به مسلمانان بدبین کرده و از پادشاه خواسته بودند که مسلمانان تازه وارد را از سرزمین خود بیرون کنند.

پادشاه دوراندیش، پیک خود را جهت دعوت مسلمانان و تحقیق از کار آنان به دنبالشان فرستاد.

با ورود مسلمانان به جلسه، سکوت در هم شکسته شد و مجلس حال و هوای دیگری پیدا کرد.

مسلمانان، در حالی که جعفر پیشاپیش آنان در حرکت بود، با سکینه و وقار وارد مجلس شدند. با دیدن نمایندگان قریش در دربار پادشاه، همراهان جعفر یکّه خورده، مضطرب شدند؛ زیرا آنها به طور ناگهانی دعوت شده و از قبل هیچ تدارکی برای چنین مجلسی ندیده بودند، اما جعفر با دیدن نمایندگان قریش همراهان خود را دلداری داده و امیدوار کرد که با تعلیماتی که از پیامبرr آموخته‌ام پاسخ لازم را خواهم داد.

هنگامی که مجلس حالت رسمی به خود گرفت، پادشاه حبشه رو کرد به مسلمانان و گفت :

چر از آیین پدران و اجداد خود دست کشیده و کیشی را پذیرفته‌اید که نه با آیین ما مطابقت دارد و نه با آیین اجداد خودتان؟!

جعفر در پاسخ اظهار داشت :

پادشاها! ما مردمی نادان بودیم که از هیچ کار زشتی پروا نداشتیم! بت می‌پرستیدیم. مردار را می‌خوردیم. اعمال قبیح انجام می‌دادیم. قطع رحم و خویشاوندی می‌کردیم. حقوق دیگران را محترم نمی‌شمردیم، قوی حق ضعیف را پایمال می‌کرد، تا این که خداوند در بین ما پیامبری را برانگیخت که هم نَسَبِ او را می‌شناسیم و هم صداقت و راستی و امانت و عفاف او را تجربه کرده‌ایم.

او ما را دعوت کرد که تنها خدا را پرستش کنیم و از آنچه غیر اوست و پدران ما می‌پرستیده‌اند، چون بت‌ها و سنگ‌ها، دست بشوییم.

او ما را به معروف راهنمایی کرد و از منکر بازداشت و به ما امر نمود که راست بگوییم، ادای امانت کنیم، با خویشاوندان و نزدیکان خود رفت‌وآمد داشته باشیم، به همسایگان ظلم نکنیم، خون یکدیگر را به ناحق نریزیم، حق کسی را ضایع ننماییم و مرتکب اعمال زشت نشویم، مال یتیم را نخوریم و به زنان عفیف نسبت ناروا ندهیم و از آنچه زشتی است ما را بازداشت. او از ما خواست که تنها خدای واحد را بپرستیم و کسی را در عبادت شریک او قرار ندهیم. نماز بخوانیم، روزه بگیریم، زکات بپردازیم و آنچه از کارهای پسندیده است انجام دهیم. ما هم از صمیم جان حرف او را پذیرفتیم و به او ایمان آوردیم و از او پیروی کردیم، زیرا فهمیدیم آنچه او می‌گوید حق است. از آن پس قوم ما با ما دشمنی کردند و ما را آزار نمودند و اصرار داشتند که ما چون گذشتگان بر آیین خود بمانیم، و چون ما نپذیرفتیم زندگی را سخت بر ما تنگ گرفته و به آزار ما پرداختند تا حدی که مجبور به هجرت شدیم و سرزمین شما را انتخاب کردیم به این امید که بتوانیم با آرامش زندگی کنیم.

سخنان جعفر که به این جا رسید، پادشاه از او پرسید : آیا چیزی از آنچه بر پیغمبر شما نازل شده به همراه دارید تا برای ما بخوانید؟

جعفر پاسخ داد : آری.

پادشاه گفت : برای ما بخوان.

جعفر شروع کرد به خواندن آیاتی از سورة «مریم». با شنیدن نام مریم و قداست او و تعریف خداوند از عصمت او، بی‌اختیار دانه‌های اشک بر گونة پادشاه و قسیسین جاری شد و در حالی که همه منقلب شده بودند، پادشاه به نمایندگان قریش رو کرد و گفت :

به خدا سوگند هرگز اینان را تسلیم شما نخواهیم نمود.

و بدین سان اولین جلسه با پیروزی مسلمانان پایان پذیرفت و نمایندگان کفار با سرافکندگی و نومیدی از همة تدابیر انجام شده، دست از پا کوتاه‌تر مجلس را ترک کردند.

به راستی که جعفر، همان‌گونه که پیامبر ص فرموده بود، هم خُلقاً و هم خلقاً شبیه به او بود.

او از اولین روزهایی که ندای حق پرستی از حلقوم نازنین پیامبرr در مکه طنین انداخت، جزء اولین یاران پیامبرص بود و پس از برادرش علی اسلام را پذیرفت و تا آخرین لحظه هم دست از یاری پیامبر برنداشت.

در آغاز دعوت به اسلام روزی پدر بزرگوارش ابوطالب دید پیامبر ص همراه علی سمت راست پیامبرص ایستاده‌، به جعفر گفت : بال چپ او را پر کن و تو هم نماز بگزار.

به قدری جعفر عطوفت و مهربانی داشت و از فقرا و مساکین نگهداری می‌کرد که به «ابوالمساکین» مشهور شد.

پیامبر به جعفر علاقه زیادی داشت تا جایی که وقتی جعفر از حبشه به مدینه برگشت، مسلمانان تازه از جنگ خیبر فارغ شده بودند. پیامبرص به قدری از دیدن او خوشحال شد که سخت او را در آغوش کشید و میان دو دیدة او را بوسید و این جملة مشهور را گفت : نمی‌دانم به کدام خوشحال‌ترم : به آمدن جعفر یا به پیروزی خیبر.

با ورود جعفر به مدینه، او را در جوار مسجد جای داد و او همواره در کنار پیامبرص بود تا این که در سال هشتم هجری پس از چند ماه اقامت در شهر مدینه به دستور پیامبرr به فرماندهی سپاه اسلام برگزیده شد و روانه جنگ «موته» گردید.

جنگ «موته» در سال هشتم هجری و به دنبال کشته شدن سفیر پیامبرص «حارث بن عمیر» به دست «شرحبیل» که فرمانده سرزمین‌های مرزی شام بود اتفاق افتاد.

پیامبرص پس از برقراری امنیت در سرزمین حجاز، سفیر خود را برای دعوت مردم شام و فرمانروای آن، به سوی آن منطقه گسیل داشت که به صورت ناجوانمردانه به وسیلة «شرحبیل» دست و پایش را بستند و او را کشتند.

خبر مرگ این سفیر به مدینه رسید. پیامبرr و اصحاب متأثر شدند و برای تأدیب آنان، سپاه اسلام آماده شد و به آن سو اعزام گردید.

سپاه اسلام در «موته» با لشکر دشمن مواجه گردید و نبرد آغاز شد. جعفر که فرمانده اول سپاه اسلام بود، در کمال شجاعت جنگید. وقتی حلقة محاصره بر او تنگ شد از اسب پایین آمد و با ضربة شمشیر، اسب خود را پی کرد تا هم قطع امید از اسباب عادی کرده باشد و هم ایجاد رعب و وحشت در دشمن؛ و با حمله‌های پی در پی و ضربان شمشیر به دفاع از خود برجاست.

دست راست او به وسیلة دشمن قطع شد. پرچم را به دست چپ گرفت، دست چپش نیز قطع شد، پرچم را با دو بازو نگه داشت و سرانجام با بیش از هفتاد زخم به لقاء و رضوان حق شتافت.

هنگامی که خبر شهادت جعفر به مدینه رسید، پیامبر ص وارد خانة جعفر شد و از همسرش «اسماء بنت عمیس» پرسید : فرزندان من کجایند؟

اسماء آنها را صدا زد : عبدالله، عون و محمد! پیامبر ص دستی به سرشان کشید و در آغوششان گرفت. اسماء با تعجب پرسید :

ای رسول‌خدا، طوری آنها را نوازش می‌کنی که گویی یتیمند؟

و پیامبر ص فرمود :

اسماء آیا نمی‌دانی که جعفرس شهید شده؟

با شنیدن این سخن، صدای نالة اسماء بلند شد.

پیامبر ص در حالی که قطرات اشک صورتش را خیس کرده بود، او را دلداری داد و فرمود :

گریه نکن! خداوند به من خبر داد که برای جعفرس در بهشت دو بال هست از یاقوت قرمز.

و دستور داد برای آنها طعامی حاضر کنند، که از آن پس این کار سنت شد.

امروز قبر جعفرس در موته مشهور و محل زیارت است.

جعفر در سن 41 سالگی به شهادت رسید.

پیامبرص همواره از او به بزرگی یاد می‌کردس.

احادیث بسیاری در شأن و فضیلت جعفر رضی الله عنه از زبان پیامبرصلی الله علیه و سلم وارد شده. اهمیت وجودی او به قدری زیاد بود که حضرت علی رضی الله عنه در نبود او و حمزه اشک می‌ریخت و از آندو به بزرگی یاد می‌کرد.